• Document: Des bio-puces pour la mesure des contaminations microbiennes
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Des bio-puces pour la mesure des contaminations microbiennes Delphine Guillebault 13 novembre 2013 L’eau est le vecteur de nombreux microorganismes ayant un impact sociétal et économique fort Des dinoflagellés Des diatomées Des bactéries Des efflorescences d’algues toxiques Des contaminations bactériennes La diversité microbienne, les empreintes génétiques et chimiques La biologie moléculaire, des bases de données, des technologies de pointes ** * Des enjeux environnementaux… • Révision des standards microbiologiques CE en 2015 • Augmentation de la population mondiale, réchauffement climatique avec (ré-) émergence de microorganismes indésirables pour l’homme • Les questions:  Quelle qualité des eaux de consommation, d’élevage et récréatives?  Les réservoirs naturels?  Le recyclage de l’eau?  La réutilisation des eaux industrielles? Le principe des bio-puces Un individu Une Des gènes identité Des séquences Le principe des bio-puces Qui estUnelàpopulation et combien sont-ils? Un assemblage d’individuUn gène = un assemblage = un assemblage d’individus !" !" !" d’identité 304) !" .01 ) .- ', /) !" Une séquence !" 2- ", ) ( %)*+, $- ) !" Reconnaissance des séquences par une sonde spécifique Aujour’hui en catalogue: Zig, Puce, Jules, Jim etc…. Développement et/ou adaptation de sondes ciblant des micro-organismes d’intérêt Choix d’un gène reconnu pour ses propriétés phylogénétiques: • molécule possédant des régions très conservée entre les différentes espèces et moins conservée • Ubiquiste: présent chez tous les organismes vivants • Peu de transfert horizontal • Très abondante • Bases de données très riches et bien alimentées Ensemble de séquences Sondes hiérachiques: uniques  Groupe  phylum Contrôle interne de présence de la  Classe cible  Genre  Espèces En pratique…. L’identification d’espèces à l’aide de sondes Échantillon environnemental ou issu de culture Indicateur Isolation des messagers RNA d’activité Marquage Plus le signal Fluorescent des RNA fluorescent est fort plus la cible est présente en grande Hybridation quantité sur la bio-puce En pratique… Schéma d’une expérience d’hybridation de bio-puce ARN marqué fluorescent Sondes immobilisées (Oligonucleotides, PCR-Fragments, cDNA) Lame dotée d‘un revêtement spécifique En pratique… Les résultats obtenus Le projet européen MicroAQUA 7th Framework Programme Theme: Innovative aquatic biosensors Objectifs: Designer des sondes spécifiques ciblant des cyanobactéries et des diatomées toxiques, des bactéries, virus et protozoaires pathogènes => participer aux efforts européens de surveillance des eaux côtières en matière de pathogènes véhiculés par l’eau douce à travers l’évaluation de la qualité microbiologiques de l’eau Les micro-organismes ciblés dans ce projet: 2 step detection rRNA

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